Introdução: A escassez de dados oficiais e trabalhos que relatam a situação do perfil epidemiológico e a saúde nutricional dos indígenas é um fato. Sabe-se que essa população vive, na maioria das vezes, em condições de insegurança alimentar e nutricional, afetando, sobretudo crianças, com curso de quadros de desnutrição e doenças, que contribuem para o aumento nas taxas de morbidade e mortalidade. Objetivos: Avaliar o perfil epidemiológico e a saúde nutricional das comunidades indígenas Thafene em Lauro de Freitas-BA e Tuxá/Banzaê em Banzaê-BA. Métodos: Serão incluídos no estudo índios da Reserva Thafene e da Comunidade Tuxá/Banzaê mesmo que estejam temporariamente habitando nas localidades. A pesquisa sobre perfil epidemiológico demográfico e nutricional dos participantes utilizará um questionário semiestruturado e exame físico. A avaliação laboratorial constará de dosagens da glicemia, perfil lipídico, hemograma, albumina e transferrina. Aspectos estatísticos: Os dados obtidos serão tratados estatisticamente no software R: A language and environment for statistical computing, versão 2.15.1. Para comparação das variáveis serão utilizadas medidas de tendência central e de dispersão. Na sequência será empregado o teste Tukey para comparação de médias, sempre considerando nível de confiança de 95% de probabilidade. Aspectos éticos: Este trabalho será executado de acordo com a norma 196/96 da Comissão Nacional de Ética e Pesquisa (CONEP). Inicialmente, o projeto deverá ser encaminhado para avaliação da Comunidade indígena a ser estudada. Após a aprovação pelo conselho tribal o projeto será submetido ao Comitê de Ética em Pesquisa (CEP) do Hospital Universitário Prof. Edgard Santos, da Faculdade de Medicina, da Universidade Federal da Bahia. A coleta de dados só terá início após a aprovação do CEP e da assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido.